1、非标准劳动关系中保护劳动者权利的方式为：与公司协商；向基层人民调解组织、企业劳动争议调解委员会或在乡镇、街道设立的具有劳动争议调解职能的组织申请调解；调解不成，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服，向人民法院提起诉讼。
2、法律依据：《劳动争议调解仲裁法》
第五条 发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。