主要的区别体现在正当防卫的目的不同。在民法上，采取防卫行为所针对的民事侵权行为人的主观恶性、人身危险性以及行为本身的攻击性、杀伤力等较之于犯罪行为要轻，侵权行为所造成的损害较小，尤其是财产损害。民法上应把防卫动机限定在“为防卫自己或他人的权利为目的”，重点强调可保护的个人利益。民法和刑法在实施正当防卫的时机上也各自有不同的要求规范，民法中认为，实施防卫行为是被迫的，只要有机会或者是有可能不用防卫行为将侵害行为制止，那么，这种情况下是不能实施正当防卫的。当遇到犯罪行为时候，那么主要是应用于刑法的相关规定，不仅仅没有具体的防卫时机限制，防卫行为更需要具有一定紧急性，如此，可以将遭受的伤害尽力控制在一定的范围内，控制伤害的程度。

法律依据：

根据《刑法》 第二十条规定，为使国家、公共利益、本人或者他人的人身、财产和其他权利免受正在进行中的不法侵害，而采取的制止不法侵害的行为，对不法侵害人造成损害的，属于正当防卫，不负刑事责任。