1、成立的方式不同
根据《民法典》规定，合同是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。借款合同(书面)的成立，一般由双方当事人协商一致后，双方在合同上签字(盖章)，合同成立。一般情况下，合同成立后，再开始履行，成立同履行相分离。典型的银行贷款即是按此操作的;也有个别约定合同成立即时履行的。
借据多用于民间借贷，根据民间借贷习惯，双方当事人达成一致后，在即时履行的情况下，贷款义务方向对方支付借款，则对方立即向贷款方出示(成立)借据。即贷款方持有借据，证明贷款行为肯定发生。
可见，从成立方式上看，借款合同的成立不当然同合同义务的第一次履行(支付贷款)发生必然联系;但借据的成立必然同合同义务的第一次履行(支付贷款)发生联系。
2、“持有”文书的法律意义不同
借款合同一般一式两份，双方当事人各持一份，从前述分析可知，持有借款合同，不当然具有证明约定义务是否履行(发生)的法律意义，只能证明合同成立(或生效)，证明双方达成一致意见的具体内容。
借据，一般只由借款人写就一份，并在支付贷款时向贷款人交付，所以，贷款人(债权人)“持有”借据，可以证明贷款人向借款人支付了贷款，证明借款人收到了该借款。
因此，“持有”借据同“持有”借款合同的法律意义是不一样的，另外还可能发生另一种不一样的法律意义，见下点。
3、对是否已经还款的证明作用不同
借款是要偿还的，从理论上讲，任何借款文书都应有偿还时间(虽然实践中有未明确的，但不等于不需要偿还)持有借款合同或借据对于证明是否还款有不同的作用。
按照民间使用借据的一般操作程序，是在借款发生(交付)时，由债务人写就、出具借据，并将借据交付给债权人持有。在债务人偿还借款时，债权人将借据退还给债务人。