码头征收怎么补偿首先要看征收的是房屋还是土地来修建码头。房屋征收与土地征收适用的法律法规不同，补偿方式不同。
按照集体土地上房屋征地拆迁适用的法律是《土地管理法》及各地政府依据该法制定的征地拆迁补偿办法。补偿标准原则上是不得降低原有生活水平，短期生活有改善，长远生活有保证。同时要根据房屋的建筑结构和修建年代、地理位置和用途进行综合考量。还要结合政府的安置方式来区别计算。按照产权置换的，应该给予合理面积和装修费补偿、搬迁费补助、过渡费；按照划地重建的，应该给予重置成新价补偿（本地修建原有规模房屋所需要的费用）、装修费和搬迁补助、过渡费；按照纯货币补偿的，应该给予附近城镇的商品房均价的补偿。
依照土地管理法第四十八条，征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。
征收农用地的土地补偿费、安置补助费标准由省、自治区、直辖市通过制定公布区片综合地价确定。制定区片综合地价应当综合考虑土地原用途、土地资源条件、土地产值、土地区位、土地供求关系、人口以及经济社会发展水平等因素，并至少每三年调整或者重新公布一次。