合同补充协议在有合法主合同的前提下是当事人合法真实的意思表示的，具有法律效力。不过工程建设是需要签订书面合同的，而补充协议只是主合同的补充约定，不能代替主合同，所以只签订补充协议是无效的。
补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当以补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。
补充协议作为合同的补充部分，是对整个合同的补充，需要写的内容可以根据下列事项确定：
一、原协议遗漏的事项进行补充。
二、原协议约定不明确需要补充明确。
三、修改、变更原协议的内容。
补充协议与原合同关系是主从关系。补充协议是通过协议方式补充原合同中存在的漏洞或没有进行约定的内容。已经存在的合同是主合同，补充协议是从合同。
需要注意的是主合同无效时，其补充协议的效力待定。如果补充协议约定的合同义务能够单独履行的，补充协议不因主合同无效而无效；如果补充协议的内容不能够单独旅履行的，补充协议的效力随着主合同的无效而无效。
合同补充协议是对原合同未尽事宜,或者合同履行过程新发生的情况而另外进行的约定。补充协议无效的情况有：
1、没有签字确认的补充协议无效；
2、不是真实意思表示的补充协议无效；
3、违反法律规定的补充协议无效；
4、损害第三人和社会公共利益的补充协议无效。
【法律依据】
《民法典》第五百一十条，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。