1、皮卡丘哭了是在剧场版《精灵宝可梦：就决定是你了！》的内容。这一段出现在78:45左右。

2、剧场版里小智还有他的同伴们跟玛夏多以及被精神操纵的神奇宝贝战斗，双方打得难舍难分，玛夏多的力量和皮卡丘的十万伏特交错之后产生了爆炸，此时的皮卡丘伤痕累累，玛夏多也受伤了。此时受到精神操纵的一系列神奇宝贝开始攻击小智等人。小智为了救皮卡丘，让它躲进精灵球，然而皮卡丘想要挡住攻击冲向前，小智一个箭步就把皮卡丘抱在怀里，第二轮攻击的时候，小智把皮卡丘收入了精灵球，自己挡住了攻击。皮卡丘无碍，而小智变成了泡沫。皮卡丘从球里出来之后，一脸懵圈，看到小智消失之后，一阵痛哭。这一幕也是《精灵宝可梦：就决定是你了！》最经典的名场面，当然，最后小智被复活了。还跟凤王进行了一场决斗。