1、昏迷后醒来的新一发现自己变小了，回家都进不去门，正好这时遇到散步回来的阿笠博士，费了好大劲才让博士相信自己就是新一。

2、在家找到少年时的衣服换上，博士建议隐藏身份以免连累他人并便于暗中查找组织的情报，这时在游乐园分开的兰跑来确认新一是不是已经安全回来了，当见到缩小的新一并询问其姓名的时候，新一因后面书架上书的作者名字的提示，给自己取名“江户川柯南”。

3、在博士劝说下，柯南决定寄宿在父亲开侦探事务所的兰的家里，回家一路上兰给柯南讲自己对新一的喜欢之情。

4、刚到家就遇到毛利小五郎接到一个案子，某大款的千金被绑架，柯南和兰也跟去了，在大款家里调查后发觉绑架小女孩的其实是管家，并且策划者就是小女孩本人，正当事情即将解决的时候接到绑匪勒索电话，小女孩真的被绑架了。

5、柯南从电话里小女孩的只言片语中得到线索找到了绑匪和小女孩藏身的仓库，面对凶悍的绑匪发现变小了的身体根本打不过人家，正当这时候随后赶来的兰用空手道把绑匪撂倒了，救下了小女孩。

6、因为案子顺利解决，人在兴头上的毛利小五郎瞬间答应了柯南寄宿在自己家的要求。