鱼的呼吸器官是鱼鳃。它们在水中游动的时候，嘴会一张一合的，从而将水吞咽进去，但水并不会进入身体，而是借着从两腮排出，鳃盖里面有鳃丝，里面有大量的微血管，但水流经过的时候就可以完成气体交换，从而获得氧气。

鳃是由咽部后端两侧发生而成的。多数水生动物的呼吸器官，用来吸收溶解在水中的氧。鱼鳃主要生在头部两侧。鱼在水中时，每个鳃片、鳃丝、鳃小片都完全张开，使鳃和水的接触面积扩大，增加了摄取水中所溶解的氧的机会。在鳃小片中有微血管，这里的表皮很薄，当血液流过这里时就完成了气体交换：将带来的二氧化碳透过鳃小片的薄壁，送到水中；同时，吸取水中的氧，氧随血液循环输送到身体各部分去。由于口部和鳃盖的交替开闭，可以使水不断地由口进入口腔，经咽到达鳃腔，与鳃丝接触，然后由鳃孔排到外面，鱼类的呼吸作用就是在这个过程中完成的。