用人单位制定涉及职工切身利益的规章制度时，一是要经职工讨论，二是公示或者告知职工，三是不得违反法律法规的规定。如果用人单位有关员工迟到扣工资的规定符合这三个条件的情况下制定是不违法的。

法律依据为《劳动合同法》第四条：

用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。

用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。

在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。

用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。

综合上面所说的，扣工资是用人单位的权利，但是必须要符合法律规定的条件才能进行此行为，每一个公司都有公司的章程，在进入公司的时候双方就一定要协商好里面的条款，只要没有达到用人单位的要求，用人单位就可以这么做。