扣押的商标侵权商品会被依法查处并且对涉嫌犯罪的物品移送司法机关处理。商标所附带的权利被侵害后所产生的经济影响过大就会对社会造成难以磨灭的负面危害，而在案件中为了调查而扣押的侵权商品可能就会作为证据或者其他需要而被暂时性的移送处理。
县级以上工商行政管理部门根据已经取得的违法嫌疑证据或者举报，对涉嫌侵犯他人注册商标专用权的行为进行查处时，可以行使下列职权：
(1)询问有关当事人，调查与侵犯他人注册商标专用权有关的情况;
(2)查阅、复制当事人与侵权活动有关的合同、发票、账簿以及其他有关资料。