仲裁协议的异议，在实践中主要是两种情形，一是对仲裁协议是否存在有异议，二是对仲裁协议是否有效存在异议，正是因为存在两种情况就需要区别对待了。
第一、须由当事人自己提出异议。仲裁协议事关当事人对诉权的处理，其效力牵涉到当事人的重大利益，故对仲裁协议的异议须由当事人自己提出。
第二、须由当事人向仲裁委员会或者人民法院提出。当事人可以向仲裁委员会提出异议，也可以向人民法院提出异议。
第三、应当在仲裁庭首次开庭前提出。依照仲裁法和民事诉讼法的规定，如果仲裁协议无效，将导致仲裁裁决被法院撤销或不予执行。