自诉案件的一审程序，与公诉案件基本相同。但由于自诉案件主要是直接侵害公民个人合法权益的轻微刑事案件，《刑事诉讼法》对这类案件的审判程序作了一些特殊规定：
(1)对告诉才处理的案件，被害人起诉的有证据证明的轻微刑事案件，可以适用简易程序，由审判员一人独任审判。
(2)对告诉才处理的案件，被害人起诉的有证据证明的轻微刑事案件，人民法院可以进行调解，调解达成协议后应制作调解书，调解书送达双方当事人后即发生法律效力，但对于被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而侦查机关或者人民检察院不予追究被告人刑事的案件，不适用调解。
(3)自诉案件在审理过程中，宣告判决前，自诉人可以同被告人自行和解，或者撤回自诉，对当事人自行和解的应记录在案，对自诉人申请撤诉的一般应予准许。但自诉人撤诉后除有正当理由外，不得就同一案件再行起诉。
(4)开庭时，自诉人经两次合法传唤，无正当理由拒不到庭的，或者未经法庭许可中途退庭的应按撤诉处理。
(5)自诉案件的被告人在诉讼过程中可以对自诉人提起反诉，反诉适用自诉的规定，提起反诉必须具备下列条件：提起反诉的是本案被告或其法定代理人;反诉提起的时间是在法院对自诉案件宣告判决前;反诉的对象是本案的自诉人，反诉的内容同自诉人起诉的事实有关。反诉案件应当与自诉一并审理，自诉人撤诉的，不影响反诉案件的继续审理，如果对双方当事人都必须判处刑罚，应根据各自应负的罪责分别判处，不能互相抵销刑罚。