故意伤害检察院以证据不足不批捕，是合法的，检察机关对犯罪事实认定后，如果发现证据不足的，可以不批捕并退回公安机关进行补充侦查。检察院作为刑事案件的公诉机关，在收到公安机关的起诉意见书和证据资料后，检察院应当对证据资料进行全面的审查，认为可能存在《刑事诉讼法》第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。

检察院在对案件证据资料进行全面审查后，认为证据不充分，或有遗漏罪行，或公安在侦查过程中又违法情形，检察院依法可以将案件退回公安机关，要求公安机关补充侦查。对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。公安机关应当在一个月内补充侦查完毕，补充侦查不得超过两次。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。对于检察院退回补充侦查，法律并没对告知当事人作出规定，因此此阶段检察院没有通知案件当事人的义务。但司法实践中，检察院一般会告知犯罪嫌疑人的辩护律师。