对于工伤认定的管辖权，目前大多数地方都是由企业法人营业执照、营业注册地或企业缴纳工伤保险费所在地的劳动行政部门负责。但也有个别地方由事故发生地的劳动行政部门负责，如重庆市。这些规定在实践中便产生了企业法人注册地和事故发生地劳动行政部门都对工伤申请不予认定的情况，而且均有当地制定的地方规章做依据。一方面是谁认定谁就将承担诉讼风险;另一方面，事故地劳动行政部门如果认定为工伤，而企业工伤保险统筹是在企业注册地，工伤保险待遇也将由统筹地的社会保险经办机构支付，那么就会出现认定结果是否被当地劳动部门或社保经办机构认可的问题。例如，1999年北京的劳动行政部门曾经认定一例深圳企业驻京机构人员的工伤，后遭到深圳企业反对，称此人并非其职工。而驻京机构也改变态度，也不承担工伤责任，使此人的工伤认定失去意义。此后，北京才颁发了工伤认定实行法人注册地或工伤保险统筹地管辖的规定。