两个孩子离婚的，如果夫妻双方能够就子女抚养问题协商一致的，则法院会按照双方的意愿来判决。
如果不能达成一致的，则法院会综合考虑双方的收入、文化素质、有无不良嗜好等条件，按照有利于子女健康成长的原则来判决抚养权归属。
实践中对于有两个孩子离婚的，法院可能会判决一方抚养一个孩子。
【法律依据】
《民法典》第一千零八十四条，父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。
已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。