分居三个月不算自动离婚，法律没有自动离婚的规定，离婚只有两种方式：一是协议离婚，一是诉讼离婚。
当事人协议离婚的，应当亲自到婚姻登记机构办理离婚登记手续，当事人诉讼离婚的，应当向具有管辖权的人民法院提起解除婚姻关系的民事起诉状。所以，离婚只能依申请，不得自动解除婚姻关系。
【法律依据】
《民法典》第一千零七十九条，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。