水库征收怎么补偿首先要看征收的是房屋还是土地。房屋征收与土地征收适用的法律法规不同，补偿方式不同。
按照集体土地上房屋征地拆迁适用的法律是《土地管理法》及各地政府依据该法制定的征地拆迁补偿办法。补偿标准原则上是不得降低原有生活水平，短期生活有改善，长远生活有保证。同时要根据房屋的建筑结构和修建年代、地理位置和用途进行综合考量。还要结合政府的安置方式来区别计算。按照产权置换的，应该给予合理面积和装修费补偿、搬迁费补助、过渡费；按照划地重建的，应该给予重置成新价补偿（本地修建原有规模房屋所需要的费用）、装修费和搬迁补助、过渡费；按照纯货币补偿的，应该给予附近城镇的商品房均价的补偿。
依照土地管理法的规定 征收土地的，按照被征收土地的原用途给予补偿。征收土地的补偿费用包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。征收土地的土地补偿费，为该土地被征收前三年平均年产值的六至十倍。征收土地的安置补助费，按照需要安置的农业人口数计算。需要安置的农业人口数，按照被征收的土地数量除以征地前被征收单位平均每人占有土地的数量计算。每一个需要安置的农业人口的安置补助费标准，为该土地被征收前三年平均年产值的四至六倍。但是，每公顷被征收土地的安置补助费，最高不得超过被征收前三年平均年产值的十五倍。征收其他土地的土地补偿费和安置补助费标准，由省、自治区、直辖市参照征收土地的土地补偿费和安置补助费的标准规定。