商标侵权纠纷的解决方式主要是：
（1）当事人之间协商解决，就侵权赔偿问题达成协商；
（2）不愿协商或者协商不成的，也可以请求工商行政管理部门处理；
（3）当事人对工商行政管理部门的处理决定不服的，可以依照行政诉讼法向人民法院起诉;侵权人期满不起诉又不履行的，工商行政管理部门可以申请人民法院强制执行。
法律依据：
《商标法》第60条规定有本法第五十七条所列侵犯注册商标专用权行为之一，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部门处理。