三年不同居是可以离婚的，双方可以协议离婚或者是诉讼离婚。
1、协议离婚的，双方协商好之后，签订书面离婚协议，去民政局办理离婚登记即可。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
2、诉讼离婚的，一方拟好起诉书，准备好夫妻感情破裂的证据，去当地的法院起诉离婚即可。一般情况，因感情不合分居满二年经法院调解无效的，法院会判决准予离婚。
【法律依据】
《民法典》 第一千零七十九条，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。