国有土地所有权由国务院代表国家行使，是指国务院代表国家依法行使对国有土地的占有、使用、收益和处分的权利。
在法律上规定国务院是国有土地所有权的代表，一是明确地方各级人民政府不是国有土地所有权代表，无权擅自处置国有土地，只能依法根据国务院的授权处置国有土地；二是赋予中央人民政府行使国有土地资产经营管理的职能；三是明确国有土地的收益权归中央人民政府，国务院有权决定国有土地收益的分配办法。
【法律依据】
《土地管理法》第二条，中华人民共和国实行土地的社会主义公有制，即全民所有制和劳动群众集体所有制。
全民所有，即国家所有土地的所有权由国务院代表国家行使。
任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。土地使用权可以依法转让。
国家为了公共利益的需要，可以依法对土地实行征收或者征用并给予补偿。
国家依法实行国有土地有偿使用制度。但是，国家在法律规定的范围内划拨国有土地使用权的除外。