司法鉴定保险公司不承认的怎么处理要分情况处理，具体如下：
1、如果是事故当事人自行委托进行的司法鉴定保险公司不承认的，可以重新进行一次双方都认可的司法鉴定；
2、如果是法院委托进行的司法鉴定，则如果保险公司没有证据可以证明鉴定结果可能错误的，法院将会以司法鉴定的结果为准来判决，不需要保险公司承认。
【法律依据】
《民事诉讼法》第七十六条，当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。
当事人申请鉴定的，由双方当事人协商确定具备资格的鉴定人；协商不成的，由人民法院指定。当事人未申请鉴定，人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应当委托具备资格的鉴定人进行鉴定。