检察院自侦案件上级不予批捕仍然是检察院决定。对于属于检察院管辖的刑事侦查案件，检察院内部的刑事侦查机构应按照《刑事诉讼法》中所对公安机关侦查刑事案件的相关规定执行，对于犯罪嫌疑人认为需要逮捕的，仍应报检察院内部的批捕科(处)来要求批准逮捕，由检察院作出批准逮捕的决定后，再交由公安机关执行逮捕。

下级检察院侦查部门对职务犯罪嫌疑人报请上一级检察院逮捕时要先经本院侦查监督部门审查，报本级院检察长或检委会审批后，再报上级院审查决定。此外，下级检察院侦查监督部门仍承担职务犯罪案件的立案监督、侦查活动监督等职能。