1、举例：某员工经济补偿金60万，月薪4万;
2、上海职工平均工资3倍为181305元;
3、员工在本单位工龄超过12年。
计算方法：
(1)首先计算出应纳税额部分：
经济补偿金-社平工资3倍=应纳税额部分即：600000-181305=418695
(2)然后根据应纳税额、工作年限，套用适用税率及速算扣除数，计算出单年经济补偿金个人应缴纳的个税：
【应纳税额/工作年限(超过12年按12年计算)-免征额5000】*适用税率-速算扣除数=经济补偿金应缴纳的个人所得税即：【418695/12-5000】*25%-1005=646
7.81元。总税金则为总税金应该是684
2.81*12=776
13.75元
相关知识：
一、根据《财政部、国家税务总局关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》(财税[2001]157号)规定：
“
(一)个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入(包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费用)，其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税;超过的部分按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》(国税发[1999]178号)的有关法规，计算征收个人所得税。
(二)个人领取一次性补偿收入时按照国家和地方政府法规的比例实际缴纳的住房公积金、医疗保险费、基本养老保险费、失业保险费，可以在计征其一次性补偿收入的个人所得税时予以扣除。
二、解除劳动合同的一次性补偿金的计算步骤和方法。在计算税款时，可以扣除以下两项：
1、上年职工平均工资3倍的数额。
2、解除劳动合同的上一个月个人负担的社保费。
第一步：计算上年度职工平均工资的3倍，如未超过，则不纳税，沈阳市上年度的职工平均工资为38553元，3倍的数额为115659元。
第二步：计算月工资薪金，按职工在本企业的工作年限数(超过12年的按12年计算)进行平均计算，以其商数作为个人的月工资薪金收入计征个人所得税。
第三步：扣除当月保险费之后与扣除标准进行比较，如未超过扣除标准，不纳税;
第四步：超过扣除标准，计算每月个人所得税;
第五步：计算应纳税总额，为每月应缴纳个税金额与工作年限的积(超过12年的按12年计算)