可以的。

《民事诉讼法》规定建设工程合同纠纷属于专属管辖的范围。根据民事诉讼法规定，因不动产纠纷提起的诉讼适用专属管辖，当事人在约定管辖、提起管辖权异议的时候都不能违反级别管辖和专属管辖的有关规定。因此，建设工程施工合同纠纷当事人，只能由不动产所在地即建设工程所在地法院管辖案件，不能约定其他法院管辖。专属管辖是法院管辖独有的制度，仲裁没有专属管辖。

由此可见，专属管辖是针对法院的管辖权而言的，即属于专属管辖的案件只能由特定的人民法院管辖，其他法院无权管辖，但是，专属管辖不得对抗仲裁，即当事人可以选择由仲裁机构仲裁解决纠纷。此外，涉外民事诉讼中的专属管辖同样如此，当事人可以选择仲裁，而且可以选择我国的仲裁机构，也可以选择外国的仲裁机构。

因此，当事人可以在建设工程合同中约定仲裁，不违反民事诉讼法的规定。建设施工双方签订建设工程施工合同时有权约定除建设工程所在地法院之外的法院管辖。但双方可协商约定仲裁，比如“某某仲裁委员会”，但是仲裁和诉讼两者只能选择其一。

《中华人民共和国民事诉讼法》第三十三条

下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖:

(一)因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖;

(二)因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖;

(三)因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。

《中华人民共和国仲裁法》第二条

平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。

根据相关的法律规定，以对于不动产纠纷施工合同是可以通过申请仲裁来进行解决问题的。而且需要注意的是，如果是提起诉讼的话，那么必须要在有管辖权的法院来进行提起诉讼，但是对于仲裁来说，是没有专属管辖的。