一、施工合同不及时备案后果会怎么样?

建筑施工合同不备案的后果是可以导致后期出现矛盾纠纷时无法处理，备案不是效力性强制规定，不备案的合同仍可以是有效的合同。备案与否在工程款结算方面有很大影响。对于经过招投标程序的建设工程施工合同，其在自投标人中标时就已成立。法律并未规定需经登记备案才生效。这条规定是国家政府管理部门为了严格管理和监督建设工程合同而采取的行政管理方法。设立这种备案制度，并不是中标合同必须经过行政部门审查批准才生效，而是确定以经过备案的中标合同作为承包人与发包人双方之间结算工程款的依据。

二、《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》有关规定是怎么样的?

第十五条　招标人可以根据招标工程的需要，对投标申请人进行资格预审，也可以委托工程招标代理机构对投标申请人进行资格预审。实行资格预审的招标工程，招标人应当在招标公告或者投标邀请书中载明资格预审的条件和获取资格预审文件的办法。

资格预审文件一般应当包括资格预审申请书格式、申请人须知，以及需要投标申请人提供的企业资质、业绩、技术装备、财务状况和拟派出的项目经理与主要技术人员的简历、业绩等证明材料。

第十六条　经资格预审后，招标人应当向资格预审合格的投标申请人发出资格预审合格通知书，告知获取招标文件的时间、地点和方法，并同时向资格预审不合格的投标申请人告知资格预审结果。

在资格预审合格的投标申请人过多时，可以由招标人从中选择不少于7家资格预审合格的投标申请人。

第十七条　招标人应当根据招标工程的特点和需要，自行或者委托工程招标代理机构编制招标文件。招标文件应当包括下列内容：

(一)投标须知，包括工程概况，招标范围，资格审查条件，工程资金来源或者落实情况，标段划分，工期要求，质量标准，现场踏勘和答疑安排，投标文件编制、提交、修改、撤回的要求，投标报价要求，投标有效期，开标的时间和地点，评标的方法和标准等;

(二)招标工程的技术要求和设计文件;

(三)采用工程量清单招标的，应当提供工程量清单;

(四)投标函的格式及附录;

(五)拟签订合同的主要条款;

(六)要求投标人提交的其他材料

综合上面所说的，施工合同的备案不是强制性要求，但却是最有效的保障自己的方式，如果不及时的进行备案，那么之后会出现的后果是不堪设想的，从而让自己的利益会受到重大的损失，所以，在处理的时候就需要结合实际情况来，这样才能保障到自己的权益。