1、故事的主角戴斯蒙德·迈尔斯因为拥有阿萨辛祖先的基因记忆，所以被当代的圣殿武士组织Abstergo绑架，利用记忆回溯仪器Animus读取戴斯蒙德阿萨辛祖先的记忆，并借此找出伊甸残片的所在，进一步使用这些神秘物件的力量统治世界。

2、在《刺客信条2》的尾声，圣殿武士杀入戴斯蒙德所在的阿萨辛据点，主角一行人只得展开逃亡。紧接前作《刺客信条II》 ，调酒师戴斯蒙德·迈尔斯与其余三名现代刺客露西·斯提尔曼、肖恩·黑斯廷斯、瑞贝卡·科瑞尔逃离圣殿骑士团的追击后到达意大利城市蒙特里久尼。