1、介质不同不同。水性马克笔介质是水，而油性马克笔介质是酒精。所以当我们发现马克笔写不出来的时候可以加入少量的对应介质继续使用。

2、绘画效果不同。水性马克笔不易变色稳固性好，油性马克笔易变色但色彩偏柔和。如果单纯是上色的话更推荐使用水性马克笔，但是要注意干透，防止污染画作。

3、渗透性不同。油性马克笔渗透力比水性马克笔强。所以描图纸更加适合使用油性马克笔。有些情况下我们可能需要叠加上色，这时油性马克笔也是首选。