1、两者意义不同

旗舰店：旗舰店是各个品牌之间竞争有力的手段，对于其自身企业有着重大的一样，品牌旗舰店对行业的发展也起到了一个示范作用。

专卖店：专卖店能有效的执行集团下达的指令，提高工作效率。其销售、服务一体化，为品牌创造稳定的客户消费群体。

2、两者性质不同

旗舰店：某一品牌在某一个繁华的地段，开展一个规模最大，同类产品最齐全，装修最豪华的店，这就是这个品牌的旗舰店。

专卖店：专门经营或者授权经营某一个品牌或以某个品牌为主的店铺，基本以零售为主。