剧情：

1、“紧急接近！有一艘装载爆炸物可能性很高的船只……”。

2、在晨雾弥漫的京都舞鹤湾发现的一艘可疑船只。那艘船上残存的数据和零件，确认是日本所没有的东西。那个消息让日本全国都紧张起来。

3、同日，参加宙斯盾舰的体验航海的柯南、小兰、小五郎以及少年侦探团一行人参观了海上自卫队员充满能量的的对空战斗训练。可是突然，受到了神秘敌人的袭击，训练变成了疯狂的现实！小兰和少年侦探团因不安而害怕。通过队员们的冷静应对事态得以平定，不过，并不清楚敌方的目标。就在这时，在舰内发现了自卫队员的左臂！手腕上有个停在上午5:30的手表……面对这种异常事态，乘直升机紧急赶来的京都府警、大阪府警也团结一致开始调查。在那里，出现了原本没有乘上宙斯盾舰的神秘女性自卫官——藤井七海的身影。

4、柯南利用犯人追踪眼镜和新侦探道具——卫星电话手表，同灰原和阿笠博士，以及在大阪的平次与和叶等人开始合作调查。随后终于知道某国的间谍X乘上了舰！间谍X究竟是谁？和自卫队员的左臂、神秘女性自卫官的关系是？在这艘宙斯盾舰上发生的案件，不过是席卷日本全境的恐怖阴谋的开始。