在PC版荒野大镖客2中，手动存档的操作如下：

1. 打开游戏菜单，选择“故事”选项。

2. 在游戏中按下“Esc”键，菜单会自动弹出。

3. 选择“游戏选项”菜单。

4. 在“游戏选项”菜单中选择“存档和载入”。

5. 选择“存档”选项，然后选择要存档的插槽。

6. 在弹出的对话框中输入存档名称，然后点击“保存”。

7. 存档成功后，可以在“存档和载入”菜单中看到相应的存档。可以通过这个菜单来进行读取、删除、导入和导出存档等操作。

需要注意的是，为了避免存档被损坏，建议在存档前先关闭所有的修改器和辅助工具，并确保游戏正常运行。