水利工程征收怎么补偿首先要看征收的是房屋还是土地来修建水利工程。房屋征收与土地征收适用的法律法规不同，补偿方式不同。
按照集体土地上房屋征地拆迁适用的法律是《土地管理法》及各地政府依据该法制定的征地拆迁补偿办法。补偿标准原则上是不得降低原有生活水平，短期生活有改善，长远生活有保证。同时要根据房屋的建筑结构和修建年代、地理位置和用途进行综合考量。还要结合政府的安置方式来区别计算。按照产权置换的，应该给予合理面积和装修费补偿、搬迁费补助、过渡费；按照划地重建的，应该给予重置成新价补偿（本地修建原有规模房屋所需要的费用）、装修费和搬迁补助、过渡费；按照纯货币补偿的，应该给予附近城镇的商品房均价的补偿。
依照土地管理法第四十八条，征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。
征收农用地的土地补偿费、安置补助费标准由省、自治区、直辖市通过制定公布区片综合地价确定。制定区片综合地价应当综合考虑土地原用途、土地资源条件、土地产值、土地区位、土地供求关系、人口以及经济社会发展水平等因素，并至少每三年调整或者重新公布一次。