夫妻三年不在一起不会自动离婚。夫妻分居几年都不会自动离婚。
在我国离婚只有协议离婚和诉讼离婚这两种方式，只要没有办理离婚登记或者被法院依法判决离婚夫妻无论分居了多久都不算是自动离婚。
不过如果双方是因为感情不和分居的，且分居的时间已经满两年的，则起诉离婚时可以作为认定夫妻感情破裂的标志，法院调解无效的会判决离婚。
【法律依据】
《民法典》第一千零七十九条，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。