合同约定甲方所在地法院管辖有效。
根据我国《民事诉讼法》规定，合同纠纷的当事人可以在合同中约定被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖纠纷。
【法律依据】
《民事诉讼法》第三十四条，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地；
合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。