哈茨木霉菌不能与杀菌剂混用。因为哈茨木霉菌也属于真菌，混用反而会降低药害。合理施用才可防止作物根部侵染真菌，导致病害。哈茨木霉菌能在植物表面形成一个保护罩，能防止病原真菌接触到植物根系以及叶片表面，保证植物健康生长。此外，它还可分泌出抗生素，从而可抑制病原菌生长定植，减轻病原菌危害。