发酵工程制药是利用微生物或其他生物化学制剂生产药品的过程。发酵工程制药包括菌种培养、发酵过程控制、药品提取、纯化和制剂工艺等环节。

发酵工程制药的优点在于生产过程相对简单、成本较低、产量较高、生物药品较少出现副作用，且能够生产出复杂分子结构的化合物，比如抗生素、酶、激素和疫苗等。

然而，发酵工程制药也存在一些挑战，比如微生物生长条件难以控制，容易受到外界环境因素的影响，例如PH值，温度和营养物质等，这就需要对工艺流程进行细致的控制和优化。并且，由于不同药品的生产过程有所差别，所以需要不断研究和开发新的工艺流程来满足市场需求。