1、鸡头米实在常温下最多只能保存3-4个小时，这是因为鸡头米在在拨开后有很多水分，放在常温下，会蒸发水分，产生变色并且发出馊味。所以最好的方法是将不用的新鲜鸡头米放到冰箱冷藏室冰冻起来。通常是拿一个真空的袋子均匀地装入1：1的清水和鸡头米，封好放入冰箱的冷藏室中速冻起来，下次食用的时候解冻出来仍然是新鲜的芡实。

2、一般情况下，干鸡头米的存放在阴凉、干燥、通风较好的地方。鸡头米含有丰富的淀粉，所以在贮藏过程中注意防止其受到虫蛀。防止虫蛀的方法可以是在晒干的鸡头米中加入几瓣生大蒜防虫害。通常是每千克鸡头米放入8-10瓣生大蒜，与鸡头米拌匀后装入缸内盖严，这样可以保持鸡头米在一至两年内不受虫蛀。