发酵工程是一门综合性强、技术含量高的交叉学科，在生物工程、食品工程、化学工程、医药工程等领域中都有广泛应用。未来发酵工程将继续发挥其重要作用，并趋向以下几个方向：

1. 定向的微生物改造和基因工程技术

通过定向的微生物改造和基因工程技术，使微生物在发酵过程中更高效地合成有用物质，从而实现工业化生产。

2. 新型发酵工艺的研究

针对工业生产中存在的一些问题，如产物分离不易、能源消耗大等，新型发酵工艺的研究将成为重要的研究方向。

3. 智能化发酵工艺控制技术的应用

智能化的发酵工艺控制技术能够实现对微生物发酵过程中的多种参数进行实时控制，从而对发酵生产的效率和质量进行优化，将成为未来发酵工程的发展方向之一。

4. 发展新型生物材料

发酵工程中的微生物不仅可以生产出有用的化学品，还可以合成出各种新型生物材料，如生物降解材料、医用生物材料等，这些新型生物材料的研究将成为未来的热点。

5. 环境污染治理

发酵工程中的微生物可以很好地实现环境污染治理，发酵废弃物能够作为优质肥料，为环境保护和可持续发展做出自己的贡献。