泡菊花茶会使菊花中的色素（特别是花青素）溶解在水中，导致茶水变成绿色或浅黄色。这是因为花青素的颜色较为深重，随着水分子的渗透和扩散，茶水中的色素分子被拉扯和分散，其颜色也会相应地变淡。

另外，如果在泡菊花茶时加入了其他的草药或水果，也会对茶水的颜色和味道产生影响。例如，加入柠檬片会使菊花茶变成淡黄色或橙黄色，红枣会使其带有淡红色。